Desde 2013, el programa Iberdrola-Museo de Conservación y Restauración se ocupa de mantener en un estado óptimo de conservación la colección del Museo de Bellas Artes de Bilbao. Con este fin, se selecciona de forma anual un conjunto de obras que precisan tratamiento y atienden a diversos núcleos cronológicos y a variadas técnicas artísticas.
En 2019 se incorporó una nueva línea de actuación sobre obras de arte que, aún no perteneciendo a la colección del Museo, participan en las exposiciones temporales. Este ha sido el caso de una selección de pinturas pertenecientes a colecciones privadas que han estado incluidas en las exposiciones Ameztoy y Obras maestras de la colección Valdés. Por último, el programa expande su misión a través de la formación de futuros profesionales que, gracias a la beca Iberdrola-Museo de Bellas Artes de Bilbao, desarrollan sus conocimientos en el Departamento de Conservación y Restauración.
El pasado 2020, el programa ha seguido esas líneas de actuación con la particularidad de que, además, se ha intervenido en obras recientemente adquiridas que se presentan ahora al público por primera vez. Este es el caso de las pinturas Paisaje con pastor, de Ignacio Iriarte -recientemente adquirida gracias a la aportación de los Amigos del Museo-; Playa de Sopelana y Paisaje con montañas, de Juan de Barroeta; La fábrica de Pasajes, de Gonzalo Chillida y Montmartre sous la neige, de Jean-François Raffaëlli. A estas obras se suman las estampas de Joaquim Sunyer y Marta Cárdenas, y obras conocidas de la colección firmadas por Ángel Larroque, Remigio Mendiburu y Pablo Milicua.
Por otra parte, y con la futura ampliación del museo como horizonte, se ha puesto en marcha un nuevo programa de mediación que da a conocer las arquitecturas del museo y el patrimonio artístico que lo rodea a través de visitas guiadas por el exterior. Son gratuitas al adquirir la entrada al museo y se celebran todos los fines de semana (sábados, 12.30 y 18.30 horas; domingos, 12.30 horas; en castellano y en euskera el último domingo de cada mes).