La orden de la Merced se estableció en Burgos en la segunda mitad del siglo XIII. Su primitivo convento se emplazaba alejado de la ciudad. En 1419, los mercedarios se trasladaron a este lugar. A finales del siglo XV, construyeron un nuevo edificio contando con la ayuda de algunas importantes familias burgalesas como los Castillo y los Pesquera que se enterraron en su iglesia. A finales del siglo XIX, el edificio fue ocupado por los jesuitas que lo reconstruyeron.
Del antiguo convento se conserva la iglesia y parte del claustro (hoy destinado a usos hosteleros). El templo fue construido, a finales del siglo XV, por Simón de Colonia y por su hijo Francisco. El claustro renacentista debe ser obra de Juan de Vallejo de mediados del siglo XVI. La portada de acceso a la iglesia fue realizada en estilo flamígero y en ella aparecen los escudos de los Castillo y Pesquera. El interior, de airosas proporciones, consta de planta basilical con crucero. El coro aparece ricamente decorado con motivos de finales del gótico. En el presbiterio, se conservan las sepulturas renacentistas de los patronos del convento. Interesantes son los retablos neogóticos de las capillas laterales, construidos por el escultor burgalés Saturnino López Gómez a comienzos del XX, y el magnífico órgano de Cavaillé-Coll de fines del siglo XIX restaurado recientemente.
