El Museo Arqueológico Provincial de Ourense nació por iniciativa de la Comisión Provincial de Monumentos en 1845, y tuvo su sede en el edifico del antiguo Colegio de los Jesuitas de la actual calle de Lamas Carvajal, de donde fue desalojado en 1852, dispersándose sus fondos, trasladándose después a las oficinas de la Diputación Provincial, que por aquellas fechas se encontraba en el antiguo Convento de Santo Domingo.
El edificio donde tiene su sede el Museo Arqueológico Provincial de Ourense, adquirido para este fin en 1951, fue con anterioridad Palacio Episcopal y comenzó a ser edificado en el primer tercio del siglo XII por el obispo don Diego II (1100-1132), conservando alrededor del claustro parte de su núcleo original (en el que hay que incluir las partes construídas entre el comienzo de la obra y el episcopado de don Lorenzo, 1218-1248).
A comienzos del año 2002, el museo cierra al público para acometer obras de remodelación en profundidad. Los servicios del museo se trasladan al edificio Santa María de Europa, en la Carballeira, en el que se almacenan la mayoría de las colecciones, excepto una selección de la escultura más representativa, que se muestra permanentemente desde mayo de 2006, bajo el titulo «Escolma de Escultura» en la sala de exposiciones San Francisco, que sirve también de base para otras actividades puntuales.
