Con el fin de reunir y proteger los bienes del patrimonio cultural de Lugo en 1932, el Ayuntamiento de Lugo acordó crear el Museo Provincial de Lugo, que no se materializaría hasta dos años más tarde con la apertura en el Palacio de San Marcos (bajo la dirección de D. Luis López Martí) de varias salas con material arqueológico, histórico, artístico, etc. hasta entonces dispersas en colecciones privadas.
El continuo aumento de la financiación y las limitaciones de espacio obligó en 1957 a mover el museo del antiguo convento de San Francisco. Conservando tres dependencias de este antiguo monasterio (la cocina, el refectorio y el claustro), el arquitecto D. Vigo Manuel Román Gómez (1875-1964) diseñó un nuevo edificio con un aire de pazo galego.
El 1 de marzo de 1962, el Museo Provincial de Lugo fue declarado de interés cultural. En 1997 el museo fue ampliado, de acuerdo a un diseño del arquitecto González Trigo.