Dentro de la península que ocupa el Palacio de la Magdalena, se encuentra el Paraninfo de la Magdalena. Está en la zona baja, mirando a la playa de la Magdalena, junto a las Caballerizas.
El Paraninfo de la Magdalena es el Auditorium del Palacio de la Magdalena. Se trata de un espacio moderno que cobija actos académicos y culturales.
Fue construido en los años treinta del siglo XX por González de Riancho en estilo racionalista.
A finales del siglo pasado, Luis de la Fuente modificó algunos elementos del edificio, integrándolo en el conjunto de las Caballerizas. Además, lo dotó de los elementos modernos que eran imprescindibles para su uso.
El salón de actos tiene una capacidad para de trescientas cincuenta personas y todos los recursos técnicos para la organización de congresos.
Entre 2019 y 2020, se produjeron las obras de rehabilitación del Palacio y el Paraninfo de la Magdalena. A lo largo de las obras, se destacó la importancia de los edificios para la economía y la historia de la ciudad. De esta manera, la alcaldesa recordó que se trata de uno de los motores económicos y turísticos de Santander, debido a que acoge “más de 1.000 actividades al año” entre congresos, recepciones, visitas, etc., además de las bodas civiles.